Hur vet jag om antikroppen kommer att korsreagera?

Korsreaktivitet uppstår när en antikropp som framställts mot ett specifikt antigen känner igen två antigener som har liknande strukturella områden.

Vad är korsreaktivitet?

En antikropp har en specifik aminosyrasekvens (Fab-regionen) som bestämmer dess affinitet för ett specifikt antigen. Korsreaktivitet mellan antigener uppstår när en antikropp som framställts mot ett specifikt antigen har en konkurrerande hög affinitet mot ett annat antigen. Detta är ofta fallet när två antigener har liknande strukturella regioner som antikroppen känner igen.

Korsreaktivitet kan ogiltigförklara resultaten av ett experiment och därmed påverka den vetenskapliga reproducerbarheten. Att testa en antikropp för korsreaktivitet med närbesläktade proteiner är därför ett viktigt valideringsexperiment.

Hur kontrollerar jag korsreaktivitet?

Korsreaktivitet är inte alltid en negativ egenskap. Den kan ibland förbättra en antikropps användbarhet. Till exempel gör korsreaktivitet hos en antikropp för ett mål mellan olika arter att samma antikropp kan användas i flera modellorganismer.

Korsreaktivitet mellan olika arter förekommer ofta för antikroppar som härrör från mänskliga antigener. Många mänskliga antikroppar i Proteintechs katalog har betydande korsreaktivitet med homologa proteiner i icke-mänskliga modeller, t.ex. mus, råtta, apa eller zebrafisk.

Baserat på homologin i en proteinsekvens och publikationer som använder våra antikroppar i icke-mänskliga organismer kan många av Proteintechs antikroppar användas inte bara för mänskliga prover utan även för en mängd olika organismer. Homologin kan testas med hjälp av en parvis sekvensanpassning av immunogenet och målantigenet via webbplatsen NCBI-BLAST, och ytterligare information kan kontrolleras på webbplatsen UniProt, som är en universell proteinresurs.

Vad är den ”rätta siffran” för homologi för att förutsäga korsreaktivitet?

Baserat på vår erfarenhet, om immunogenet och sekvensen av det potentiellt korsreaktiva proteinet har 75 % sekvenshomologi, förutsägs det korsreagera. Om ditt prov är icke-mänskligt rekommenderas en polyklonal eftersom det finns en blandning av epitoper som känns igen.

Korsreagerar min antikropp med andra arter?

Det beror på graden av proteinsekvenslikhet mellan immunogenen och den potentiella korsreaktiva proteinsekvensen.

Hur man undviker korsreaktivitet i western blot

Om möjligt rekommenderas att man använder den sekundära antikroppen som är specifik för den första antikroppen som används; om den primära antikroppen t.ex. är mus bör den sekundära antikroppen vara anti-mus IgG-HRP. Om den sekundära antikroppen är polyklonal och genereras mot hela IgG-molekylen är kaninantikroppar som känner igen det primära mus-AB kanske inte det bästa valet på grund av igenkänningen av den gemensamma Kappa Light Chain-regionen.

Hur man undviker korsreaktivitet under immunfärgningsförsök

Korsreaktivitet kan förekomma i immunfärgningsförsök där man använder vävnadsprover; därför är det vanligt att använda fragment, snarare än hela IgG, som primära immunglobuliner (t.ex. när man arbetar med musantikroppar på musvävnad). För att säkerställa att det inte förekommer någon korsreaktion vid flerfaldig färgning bör man dessutom försöka använda olika sekundära antikroppar, t.ex. 568 kanin-antiget med en 488 kanin-anti-mus, som är ganska vanliga och lätta att hitta.

Vad är korsadsorption och korsreaktivitet för sekundära antikroppar?

Korsadsorberade sekundära antikroppar är de polyklonala antikroppar som tillverkas med ett extra reningssteg för att filtrera bort medlemmar som binder till off-target-arter av immunoglobulin (IgG). Denna process kan minska korsreaktiviteten och öka specificiteten. Beroende på experimentupplägget finns det korsadsorberade och starkt korsadsorberade sekundära antikroppssorter.

1. Polyklonala vs. monoklonala antikroppar

2. Urval av sekundära antikroppar

3. Protein- eller peptidantigen? Fördelar och nackdelar