Dubbelsträngade RNA-virus

ReoviridaeEdit

Reoviridae klassificeras för närvarande i nio släkten. Genomen hos dessa virus består av 10 till 12 segment av dsRNA, som vart och ett i allmänhet kodar för ett protein. De mogna virionerna är inte höljda. Deras kapslar, som består av flera proteiner, har isosaedrisk symmetri och är i allmänhet ordnade i koncentriska lager. Ett utmärkande kännetecken för dsRNA-virus, oberoende av deras familjetillhörighet, är deras förmåga att under lämpliga förhållanden utföra transkription av dsRNA-segmenten inom kapsiden. I alla dessa virus är de enzymer som krävs för endogen transkription således en del av virionstrukturen.

OrtoreovirusEdit

Ortoreovirusen (reovirus) är de prototypiska medlemmarna av virusfamiljen Reoviridae och representativa för de turreted medlemmarna, som omfattar ungefär hälften av släktena. I likhet med andra medlemmar av familjen är reovirusen icke-höljda och kännetecknas av koncentriska kapsidskal som kapsiderar ett segmenterat dsRNA-genom. Reovirus har åtta strukturella proteiner och tio segment av dsRNA. En serie av avmantlingssteg och konformationsförändringar åtföljer cellinträdet och replikationen. Högupplösta strukturer är kända för nästan alla proteiner i däggdjursreovirus (MRV), som är den bäst studerade genotypen. Elektronkryomikroskopi (cryoEM) och röntgenkristallografi har gett en mängd strukturell information om två specifika MRV-stammar, typ 1 Lang (T1L) och typ 3 Dearing (T3D).

CypovirusEdit

De cytoplasmatiska polyhedrosvirusen (CPV) utgör släktet Cypovirus i familjen Reoviridae. CPVs klassificeras i 14 arter baserat på de elektroforetiska migrationsprofilerna för deras genomsegment. Cypovirus har endast ett enda kapsidskal, som liknar ortoreovirusets inre kärna. CPV uppvisar en slående kapsidstabilitet och har full kapacitet för endogen RNA-transkription och -bearbetning. De övergripande veckningarna av CPV-proteiner liknar dem hos andra reovirus. CPV-proteinerna har dock insatta domäner och unika strukturer som bidrar till deras omfattande intermolekylära interaktioner. CPV:s tornprotein innehåller två metylasdomäner med ett mycket konserverat helixpar/β-blad/helixpar-sandwichveck, men saknar den β-barrel-flap som finns i ortoreovirus λ2. Staplingen av turretproteinets funktionella domäner och förekomsten av förträngningar och A-spikar längs vägen för frisättning av mRNA tyder på en mekanism som använder porer och kanaler för att reglera de mycket samordnade stegen för RNA-transkription, bearbetning och frisättning.

RotavirusEdit

Rotavirus är den vanligaste orsaken till akut gastroenterit hos spädbarn och småbarn i hela världen. Detta virus innehåller ett dsRNA-genom och tillhör familjen Reoviridae. Rotavirusets genom består av elva segment av dsRNA. Varje genomsegment kodar för ett protein med undantag för segment 11, som kodar för två proteiner. Av de tolv proteinerna är sex strukturella och sex icke-strukturella proteiner.Det är ett dubbelsträngat RNA icke-höljt virus

Bluetongue virusEdit

Medlemmarna i släktet Orbivirus inom Reoviridae-familjen är leddjursburna virus och ansvarar för hög morbiditet och mortalitet hos idisslare. Bluetonguevirus (BTV), som orsakar sjukdom hos boskap (får, getter och nötkreatur), har stått i förgrunden för molekylära studier under de senaste tre decennierna och representerar nu det bäst förstådda orbiviruset på molekylär och strukturell nivå. BTV, liksom andra medlemmar i familjen, är ett komplext icke-höljt virus med sju strukturella proteiner och ett RNA-genom som består av 10 dsRNA-segment av olika storlek.

FytoreovirusEdit

Phytoreovirus är icke-turrerade reovirus som är viktiga jordbrukspatogener, särskilt i Asien. En medlem av denna familj, Rice Dwarf Virus (RDV), har studerats ingående med hjälp av elektronkryomikroskopi och röntgenkristallografi. Från dessa analyser har atomära modeller av kapsidproteinerna och en rimlig modell för kapsidens sammansättning tagits fram. Även om RDV:s strukturella proteiner inte har någon sekvenslikhet med andra proteiner, liknar deras veckningar och den övergripande kapsidstrukturen dem hos andra Reoviridae.

Saccharomyces cerevisiae virus L-AEdit

Det L-A dsRNA-virus från jästsvampen Saccharomyces cerevisiae har ett enda genomiskt segment på 4,6 kb som kodar för det viktigaste pälsproteinet, Gag (76 kDa) och ett Gag-Pol-fusionsprotein (180 kDa) som bildas av en -1 ribosomal frameshift. L-A kan stödja replikation och encapsidering i separata viruspartiklar av något av flera satellit-dsRNA, så kallade M-dsRNA, som var och en kodar för ett utsöndrat proteintoxin (dödartoxinet) och immunitet mot detta toxin. L-A och M överförs från cell till cell genom den cytoplasmatiska blandning som sker i samband med parningsprocessen. Inget av dem frigörs naturligt från cellen eller kommer in i cellerna genom andra mekanismer, men den höga frekvensen av jästparning i naturen resulterar i en stor spridning av dessa virus i naturliga isolat. Dessutom har de strukturella och funktionella likheterna med dsRNA-virus från däggdjur gjort det användbart att betrakta dessa enheter som virus.

Infectious bursal disease virusEdit

Infectious bursal disease virus (IBDV) är den bäst karakteriserade medlemmen av familjen Birnaviridae. Dessa virus har tvådelade dsRNA-genom som är inneslutna i enkelskiktade icosaedriska kapslar med T = 13l-geometri. IBDV delar funktionella strategier och strukturella egenskaper med många andra icosaedriska dsRNA-virus, förutom att de saknar T = 1-kärnan (eller pseudo-T = 2-kärnan) som är gemensam för Reoviridae, Cystoviridae och Totiviridae. IBDV:s kapsidprotein uppvisar strukturella domäner som visar homologi med dem hos kapsidproteinerna hos vissa positivsinniga enkelsträngade RNA-virus, t.ex. nodavirus och tetravirus, samt T = 13-kapsidskalproteinet hos Reoviridae. T = 13-skalet i IBDV-kapsiden bildas av trimerer av VP2, ett protein som genereras genom att den C-terminala domänen avlägsnas från dess prekursor, pVP2. Trimningen av pVP2 utförs på omogna partiklar som en del av mognadsprocessen. Det andra viktiga strukturproteinet, VP3, är en multifunktionell komponent som ligger under T = 13-skalet och som påverkar den inneboende strukturella polymorfismen hos pVP2. Det viruskodade RNA-beroende RNA-polymeraset, VP1, införlivas i capsidet genom sin förening med VP3. VP3 interagerar också i stor utsträckning med virusets dsRNA-genom.

Bakteriofag Φ6Edit

Bakteriofag Φ6, är en medlem av familjen Cystoviridae. Den infekterar Pseudomonas-bakterier (vanligtvis växtpatogena P. syringae). Den har ett tredelat, segmenterat, dubbelsträngat RNA-genom med en total längd på ~13,5 kb. Φ6 och dess släktingar har ett lipidmembran runt sitt nukleokapsid, vilket är ett sällsynt drag bland bakteriofager. Det är en lytisk fage, även om den under vissa omständigheter har observerats uppvisa en fördröjning i lysen som kan beskrivas som ett ”bärartillstånd”

.