Recunoașterea moleculară a capului 5′ al ARNm de către 3′ poli(A)-specific ribonucleazei (PARN) diferă de interacțiunile cunoscute pentru alte proteine de legare a capacului

Structura capului 5′ al ARNm joacă un rol esențial în coordonarea traducerii eucariote și a degradării ARNm. Ribonucleaza specifică poli(A) (PARN) este o exoribonuclează dimerică care degradează eficient cozile poli(A) 3′ ale ARNm în timp ce interacționează simultan și cu capacul 5′ al ARNm. Legarea capacului amplifică procesivitatea acțiunii PARN. Am utilizat analiza cinetică prin rezonanță plasmonică de suprafață, titrări de fluorescență de echilibru cantitativ și dicroism circular pentru a studia proprietățile de legare a capacului de PARN.

Mecanismul molecular de recunoaștere a capacului 5′ de către PARN s-a demonstrat că diferă de interacțiunile observate pentru alte proteine cunoscute de legare a capacului prin faptul că: i) funcția biologică auxiliară de legare a capacului 5′ de către enzima de degradare 3′ este realizată prin cooperativitatea negativă a subunităților dimerice PARN; ii) interacțiunile non-coulombice sunt factori majori în formarea complexului; și iii) PARN are o activitate versatilă față de forme alternative ale capacului. Aceste caracteristici contribuie la stabilizarea complexului PARN-cap, necesar pentru procesivitatea deadenilării. Studiile noastre oferă o bază biofizică consistentă pentru elucidarea mecanismului procesiv de deadenilare a ARNm 3′ mediat de PARN și oferă un nou cadru de interpretare a rolului capacului 5′ în degradarea ARNm.

.