Wirusy dwuniciowego RNA

ReoviridaeEdit

Reoviridae są obecnie klasyfikowane do dziewięciu rodzajów. Genomy tych wirusów składają się z 10 do 12 segmentów dsRNA, z których każdy koduje na ogół jedno białko. Dojrzałe wirusy są nierozwinięte. Ich kapsydy, zbudowane z wielu białek, mają symetrię ikosaedryczną i są ułożone na ogół w koncentrycznych warstwach. Cechą wyróżniającą wirusy dsRNA, niezależnie od przynależności do rodziny, jest ich zdolność do przeprowadzania transkrypcji segmentów dsRNA, w odpowiednich warunkach, w obrębie kapsydu. We wszystkich tych wirusach enzymy wymagane do endogennej transkrypcji są więc częścią struktury wirionu.

OrtoreowirusyEdit

Ortoreowirusy (reowirusy) są prototypowymi członkami rodziny wirusów Reoviridae i reprezentantami członków reowirusów, które obejmują około połowy rodzajów. Podobnie jak inni członkowie tej rodziny, reowirusy są nierozwinięte i charakteryzują się koncentrycznymi kapsydami, które otaczają segmentowany genom dsRNA. W szczególności, reowirusy posiadają osiem białek strukturalnych i dziesięć segmentów dsRNA. Wniknięciu do komórki i replikacji towarzyszy seria etapów usuwania powłoki i zmian konformacyjnych. Struktury o wysokiej rozdzielczości są znane dla prawie wszystkich białek reowirusa ssaków (MRV), który jest najlepiej zbadanym genotypem. Krio-mikroskopia elektronowa (cryoEM) i krystalografia rentgenowska dostarczyły wielu informacji strukturalnych o dwóch specyficznych szczepach MRV, typie 1 Lang (T1L) i typie 3 Dearing (T3D).

CypovirusEdit

Wirusy poliedrozy cytoplazmatycznej (CPV) tworzą rodzaj Cypovirus z rodziny Reoviridae. CPV są klasyfikowane do 14 gatunków na podstawie profili migracji elektroforetycznej ich segmentów genomu. Cypovirusy mają tylko pojedynczą otoczkę kapsydu, która jest podobna do wewnętrznego rdzenia ortoreowirusów. CPV wykazuje uderzającą stabilność kapsydu i jest w pełni zdolny do transkrypcji i przetwarzania endogennego RNA. Ogólne fałdy białek CPV są podobne do tych występujących u innych reowirusów. Jednakże, białka CPV posiadają domeny insercyjne i unikalne struktury, które przyczyniają się do ich rozległych interakcji międzycząsteczkowych. Białko rewolwerowe CPV zawiera dwie domeny metylazy z wysoce konserwowanym fałdem kanapkowym typu helisa-para/β-arkusz/helisa-para, ale nie posiada fałdu β-barrel obecnego w ortoreowirusie λ2. Układanie domen funkcjonalnych białka rewolwerowego oraz obecność zwężeń i kolców A wzdłuż ścieżki uwalniania mRNA wskazują na mechanizm wykorzystujący pory i kanały do regulacji wysoce skoordynowanych etapów transkrypcji, przetwarzania i uwalniania RNA.

RotavirusEdit

Rotavirus jest najczęstszą przyczyną ostrego zapalenia żołądka i jelit u niemowląt i małych dzieci na całym świecie. Wirus ten zawiera genom dsRNA i jest członkiem rodziny Reoviridae. Genom rotawirusa składa się z jedenastu segmentów dsRNA. Każdy segment genomu koduje jedno białko, z wyjątkiem segmentu 11, który koduje dwa białka. Jest to nierozwinięty wirus o dwuniciowym RNA

Wirus choroby niebieskiego językaEdit

Członkowie rodzaju Orbivirus w rodzinie Reoviridae są wirusami przenoszonymi przez stawonogi i są odpowiedzialni za wysoką zachorowalność i śmiertelność u przeżuwaczy. Wirus choroby niebieskiego języka (BTV), który wywołuje choroby u zwierząt gospodarskich (owiec, kóz, bydła) był w czołówce badań molekularnych przez ostatnie trzy dekady i obecnie jest najlepiej poznanym orbiwirusem na poziomie molekularnym i strukturalnym. BTV, podobnie jak inni członkowie tej rodziny, jest złożonym, nierozwiniętym wirusem z siedmioma białkami strukturalnymi i genomem RNA składającym się z 10 różnej wielkości segmentów dsRNA.

FitoreowirusyEdit

Fytoreowirusy są nieulegającymi turbulencji reowirusami, które są głównymi patogenami rolniczymi, szczególnie w Azji. Jeden z członków tej rodziny, Rice Dwarf Virus (RDV), został gruntownie przebadany za pomocą kriomikroskopii elektronowej i krystalografii rentgenowskiej. Na podstawie tych analiz uzyskano modele atomowe białek kapsydu i prawdopodobny model jego składania. Podczas gdy białka strukturalne RDV nie wykazują podobieństwa sekwencyjnego do innych białek, ich fałdy i ogólna struktura kapsydu są podobne do tych z innych Reoviridae.

Saccharomyces cerevisiae virus L-AEdit

Wirus L-A dsRNA drożdży Saccharomyces cerevisiae ma pojedynczy segment genomowy o długości 4,6 kb, który koduje jego główne białko płaszcza, Gag (76 kDa) i białko fuzyjne Gag-Pol (180 kDa) utworzone przez zmianę ramki -1 rybosomalnej. L-A może wspomagać replikację i enkapsydację w oddzielnych cząstkach wirusowych dowolnego z kilku satelitarnych dsRNA, zwanych M dsRNA, z których każdy koduje wydzielaną toksynę białkową (toksynę zabójczą) i odporność na tę toksynę. L-A i M są przenoszone z komórki do komórki przez mieszanie cytoplazmatyczne, które zachodzi w procesie kojarzenia. Żaden z nich nie jest naturalnie uwalniany z komórki ani nie dostaje się do komórek za pośrednictwem innych mechanizmów, ale wysoka częstotliwość kojarzenia się drożdży w przyrodzie skutkuje szerokim rozpowszechnieniem tych wirusów w naturalnych izolatach. Ponadto, strukturalne i funkcjonalne podobieństwo do wirusów dsRNA ssaków sprawiło, że jednostki te należy uznać za wirusy.

Wirus zakaźnej choroby rzęsistkowicyEdit

Wirus zakaźnej choroby rzęsistkowicy (IBDV) jest najlepiej scharakteryzowanym członkiem rodziny Birnaviridae. Wirusy te mają dwudzielne genomy dsRNA zamknięte w jednowarstwowych, dwudziestościanowych kapsydach o geometrii T = 13l. IBDV posiada wspólne strategie funkcjonalne i cechy strukturalne z wieloma innymi wirusami dsRNA o strukturze ikozaedrycznej, z wyjątkiem braku rdzenia T = 1 (lub pseudo T = 2), wspólnego dla Reoviridae, Cystoviridae i Totiviridae. Białko kapsydu IBDV wykazuje domeny strukturalne, które wykazują homologię z białkami kapsydu niektórych jednoniciowych wirusów RNA o pozytywnym znaczeniu, takich jak nodawirusy i tetrawirusy, jak również z białkiem otoczki kapsydu T = 13 Reoviridae. Otoczka T = 13 kapsydu IBDV jest tworzona przez trimery VP2, białka generowanego przez usunięcie domeny C-końcowej z jego prekursora, pVP2. Przycinanie pVP2 odbywa się na niedojrzałych cząsteczkach jako część procesu dojrzewania. Inne główne białko strukturalne, VP3, jest wielofunkcyjnym komponentem leżącym pod powłoką T = 13, który wpływa na nieodłączny polimorfizm strukturalny pVP2. Zakodowana w wirusie polimeraza RNA zależna od RNA, VP1, jest włączana do kapsydu poprzez jej połączenie z VP3. VP3 oddziałuje również intensywnie z wirusowym genomem dsRNA.

Bakteriofag Φ6Edit

Bakteriofag Φ6, jest członkiem rodziny Cystoviridae. Infekuje bakterie z rodzaju Pseudomonas (zazwyczaj patogeniczne dla roślin P. syringae). Posiada trzyczęściowy, segmentowany, dwuniciowy genom RNA, o łącznej długości ~13,5 kb. Φ6 i jego krewniacy posiadają błonę lipidową wokół nukleokapsydu, co jest rzadką cechą wśród bakteriofagów. Jest fagiem litycznym, chociaż w pewnych okolicznościach zaobserwowano, że wykazuje opóźnienie w lizie, które można określić jako „stan nosicielstwa”.