Mikroflora przewodu pokarmowego: przegląd

Powierzchnia błony śluzowej ludzkiego przewodu pokarmowego (GI) jest około 200-300 m2 i jest skolonizowany przez 1013-14 bakterii z 400 różnych gatunków i podgatunków. Savage zdefiniował i sklasyfikował mikroflorę przewodu pokarmowego na dwa rodzaje, florę autochtoniczną (flora rodzima) i florę allochtoniczną (flora przejściowa). Mikroorganizmy autochtoniczne kolonizują określone siedliska, tj. fizyczne przestrzenie w przewodzie pokarmowym, podczas gdy mikroorganizmy allochtoniczne nie mogą kolonizować określonych siedlisk, chyba że w nietypowych warunkach. Większość patogenów to mikroorganizmy allochtoniczne; niemniej jednak, niektóre patogeny mogą być autochtoniczne dla ekosystemu i normalnie żyją w harmonii z gospodarzem, z wyjątkiem sytuacji, gdy system jest zaburzony. Występowanie bakterii w różnych częściach przewodu pokarmowego wydaje się być zależne od kilku czynników, takich jak pH, perystaltyka, potencjał redox, adhezja bakterii, współpraca bakterii, wydzielanie mucyny, dostępność składników odżywczych, dieta i antagonizm bakteryjny. Ze względu na niskie pH żołądka i stosunkowo szybką perystaltykę żołądka i jelita cienkiego, żołądek i górne dwie trzecie jelita cienkiego (dwunastnica i jelito czcze) zawierają tylko niewielką liczbę mikroorganizmów, która waha się od 103 do 104 bakterii/mL treści żołądkowej lub jelitowej, głównie kwasotwórcze bakterie z rodzaju Lactobacillus i Streptococci. W dystalnym odcinku jelita cienkiego (jelito kręte) mikroflora zaczyna przypominać tę z jelita grubego, z liczbą około 107-108 bakterii/mL treści jelitowej. Przy zmniejszonej perystaltyce, kwasowości i niższym potencjale oksydacyjno-redukcyjnym, jelito kręte utrzymuje bardziej zróżnicowaną mikroflorę i wyższą populację bakterii. Prawdopodobnie z powodu wolnej motoryki jelit i bardzo niskich potencjałów oksydacyjno-redukcyjnych, okrężnica jest głównym miejscem kolonizacji bakteryjnej u ludzi. Okrężnica jest siedliskiem ogromnej liczby i różnorodności gatunków bakterii. Jednakże 99,9% mikroflory jelita grubego to beztlenowce obligatoryjne.