Microflora van het maagdarmkanaal: een overzicht

Het slijmvliesoppervlak van het menselijk maagdarmkanaal (GI) is ongeveer 200-300 m2 groot en wordt gekoloniseerd door 1013-14 bacteriën van 400 verschillende soorten en ondersoorten. Savage heeft de gastro-intestinale microflora gedefinieerd en ingedeeld in twee typen, autochtone flora (inheemse flora) en allochtone flora (transiënte flora). Autochtone micro-organismen koloniseren bepaalde habitats, d.w.z. fysieke ruimten in het maag-darmkanaal, terwijl allochtone micro-organismen bepaalde habitats niet kunnen koloniseren, behalve onder abnormale omstandigheden. De meeste ziekteverwekkers zijn allochtone micro-organismen; niettemin kunnen sommige ziekteverwekkers autochtoon zijn voor het ecosysteem en normaal in harmonie leven met de gastheer, behalve wanneer het systeem verstoord is. De prevalentie van bacteriën in verschillende delen van het maag-darmkanaal blijkt afhankelijk te zijn van verschillende factoren, zoals pH, peristaltiek, redoxpotentiaal, bacteriële adhesie, bacteriële samenwerking, mucineafscheiding, beschikbaarheid van voedingsstoffen, dieet, en bacterieel antagonisme. Vanwege de lage pH van de maag en de relatief snelle peristaltiek door de maag en de dunne darm, bevatten de maag en de bovenste twee derden van de dunne darm (duodenum en jejunum) slechts lage aantallen micro-organismen, variërend van 103 tot 104 bacteriën/mL van de maag- of darminhoud, voornamelijk zuur-tolerante lactobacillen en streptococcen. In de distale dunne darm (ileum) begint de microflora te lijken op die van de dikke darm, met ongeveer 107-108 bacteriën/mL van de darminhoud. Met verminderde peristaltiek, zuurtegraad, en lagere oxidatie-reductiepotentialen, handhaaft het ileum een meer diverse microflora en een hogere bacteriële populatie. Waarschijnlijk als gevolg van de trage intestinale motiliteit en het zeer lage oxidatiereductiepotentieel, is de dikke darm de voornaamste plaats van microbiële kolonisatie bij de mens. De dikke darm herbergt enorme aantallen en soorten bacteriën. 99,9% van de colon microflora zijn echter obligate anaërobe bacteriën.