Microflora of gastrointestinal tract: a review

人間の胃腸管の粘膜面は約200-300 m2あり、400種・亜種の1013-14個の細菌によってコロニー化されています。 Savageは、消化管内細菌叢を、autochthonous flora（常在菌叢）とallochthonous flora（一過性の細菌叢）の2種類に定義・分類している。 常在微生物は特定の生息場所、すなわち消化管内の物理的空間に定住するのに対し、非常在微生物は異常な条件下でなければ特定の生息場所に定住することはない。 しかし、病原体の中には、生態系が乱れたとき以外は、宿主と共生しているものもある。 消化管の各部位における細菌の優勢は、pH、蠕動運動、酸化還元電位、細菌の接着、細菌の協力、ムチンの分泌、栄養の有無、食事、細菌の拮抗などのいくつかの要因に依存するようである。 胃のpHが低く、胃と小腸を通る蠕動運動が比較的速いため、胃と小腸の上部3分の2（十二指腸と空腸）には、胃または腸の内容物の103〜104個/mLという、主に耐酸性の乳酸菌と連鎖球菌を中心とした少数の微生物しかいない。 遠位小腸（回腸）では、腸内細菌叢は大腸のものと類似し始め、腸内内容物の107〜108個/mL程度となる。 蠕動運動の低下、酸性度、酸化還元電位の低下により、回腸ではより多様な微生物叢が維持され、細菌数も多くなる。 腸の運動が遅く、酸化還元電位が非常に低いため、おそらく大腸はヒトの微生物コロニー形成の主要な場所である。 大腸は膨大な数の細菌とその種を保有している。 しかし、大腸の微生物叢の99.9%は偏性嫌気性菌である。