Articles

Fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatok

On október 8, 2021 by

A fehérje-fehérje kölcsönhatások (PPI) alapvető fontosságúak a sejt szinte minden folyamatában, ezért a PPI-k megértése alapvető fontosságú a sejtek fiziológiájának megértéséhez a normál és a beteg állapotokban. A gyógyszerfejlesztésben is alapvető fontosságú, mivel a gyógyszerek befolyásolhatják a PPI-ket. A fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatok (PPIN) a sejtben lévő fehérjék közötti fizikai kapcsolatok matematikai ábrázolásai. Ezek a kapcsolatok:

  • specifikusak
  • a fehérjék meghatározott kötési régiói között fordulnak elő
  • meghatározott biológiai jelentéssel bírnak (pl., meghatározott funkciót szolgálnak)

A PPI információ átmeneti és stabil kölcsönhatásokat is reprezentálhat:

  • A stabil kölcsönhatások fehérjekomplexekben alakulnak ki (pl. riboszóma, hemoglobin)
  • Az átmeneti kölcsönhatások olyan rövid kölcsönhatások, amelyek módosítják vagy hordozzák a fehérjét, és további változáshoz vezetnek (pl. fehérje kinázok, nukleáris pórus importinok). Ezek alkotják az interaktom legdinamikusabb részét

A PPI-k ismerete felhasználható:

  • feltételezett szerepek hozzárendelésére a még nem jellemzett fehérjékhez
  • finomabb részletességű információk hozzáadására egy jelátviteli útvonalon belüli lépésekről
  • a többmolekuláris komplexeket, például a proteaszómát alkotó fehérjék közötti kapcsolatok jellemzésére

    • Az interaktom

    Az interaktom az egy sejtben, egy szervezetben vagy egy adott biológiai környezetben zajló PPI-k összessége. A nagyszabású PPI-szűrési technikák fejlődése, különösen a nagy áteresztőképességű affinitás-tisztítás kombinálva tömegspektrometriával és az élesztő two-hybrid assay-vel, robbanásszerűen megnövelte a PPI-adatok mennyiségét, és egyre összetettebb és teljesebb interaktomokat hozott létre (16. ábra). Ezt a kísérleti bizonyítékot kiegészíti a PPI-előrejelző algoritmusok elérhetősége. Ezen információk nagy része olyan molekuláris interakciós adatbázisokon keresztül érhető el, mint például az IntAct.

    16. ábra Élesztő-két hibrid módszerrel nyert élesztő (balra) és humán (jobbra) interaktomok. A képek a Macmillan Publishers Ltd. engedélyével újranyomtatva: Jeong et al. Nature 2001. 411 (3) és Rual et al. Nature 2005: 437 (4).

    Még egyszer fontos hangsúlyozni a rendelkezésre álló PPI-adatok korlátait. Az interaktomra vonatkozó jelenlegi ismereteink hiányosak és zajosak. A PPI detektálási módszereknek korlátai vannak abban, hogy hány valóban fiziológiás kölcsönhatást tudnak detektálni, és mind hamis pozitív és negatív eredményeket találnak.”

    Ha többet szeretne megtudni a PPI-kről általában és az IntAct adatbázisról különösen, vegyen részt ingyenes online tanfolyamainkon:

    Protein kölcsönhatások és jelentőségük

    IntAct: Az EMBL-EBI molekuláris kölcsönhatások adatbázisa: webinárium

    IntAct: Molekuláris kölcsönhatások az EMBL-EBI-nál

    A következő oldalakon a fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatok néhány tulajdonságát és e tulajdonságok biológiára gyakorolt hatását tekintjük át

    .

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.