Virus à ARN double brin

ReoviridaeEdit

Les Reoviridae sont actuellement classés en neuf genres. Les génomes de ces virus sont constitués de 10 à 12 segments d’ARNdb, chacun codant généralement pour une protéine. Les virions matures sont non enveloppés. Leurs capsides, formées de plusieurs protéines, ont une symétrie icosaédrique et sont généralement disposées en couches concentriques. Les virus à ARNdb, quelle que soit leur famille, se distinguent par leur capacité à effectuer la transcription des segments d’ARNdb, dans des conditions appropriées, à l’intérieur de la capside. Chez tous ces virus, les enzymes nécessaires à la transcription endogène font donc partie de la structure du virion.

Les orthoréovirusEdit

Les orthoréovirus (réovirus) sont les membres prototypiques de la famille des virus Reoviridae et sont représentatifs des membres turriquets, qui comprennent environ la moitié des genres. Comme les autres membres de la famille, les réovirus sont non enveloppés et caractérisés par des capsides concentriques qui encapsulent un génome d’ARNdb segmenté. En particulier, le réovirus possède huit protéines structurelles et dix segments d’ARNdb. Une série d’étapes de désenrobage et de changements de conformation accompagnent l’entrée dans la cellule et la réplication. Des structures à haute résolution sont connues pour presque toutes les protéines du réovirus mammalien (MRV), qui est le génotype le mieux étudié. La cryo-microscopie électronique (cryoEM) et la cristallographie aux rayons X ont fourni une multitude d’informations structurelles sur deux souches spécifiques de MRV, le type 1 Lang (T1L) et le type 3 Dearing (T3D).

CypovirusEdit

Les virus de la polyédrose cytoplasmique (CPV) forment le genre Cypovirus de la famille des Reoviridae. Les CPV sont classés en 14 espèces sur la base des profils de migration électrophorétique de leurs segments génomiques. Le cypovirus ne possède qu’une seule enveloppe de capside, qui est similaire au noyau interne des orthoréovirus. Le CPV présente une stabilité remarquable de la capside et est entièrement capable de transcrire et de traiter l’ARN endogène. Les plis généraux des protéines du CPV sont similaires à ceux des autres réovirus. Cependant, les protéines du CPV possèdent des domaines d’insertion et des structures uniques qui contribuent à leurs importantes interactions intermoléculaires. La protéine de tourelle du CPV contient deux domaines méthylase avec un pli sandwich paire d’hélices/β-feuillets/paire d’hélices hautement conservé, mais elle est dépourvue du rabat β-barrel présent dans l’orthoréovirus λ2. L’empilement des domaines fonctionnels de la protéine tourelle et la présence de constrictions et de pointes A le long de la voie de libération de l’ARNm indiquent un mécanisme qui utilise des pores et des canaux pour réguler les étapes hautement coordonnées de la transcription, du traitement et de la libération de l’ARN.

RotavirusEdit

Le rotavirus est la cause la plus fréquente de gastro-entérite aiguë chez les nourrissons et les jeunes enfants dans le monde entier. Ce virus contient un génome à ARNdb et est un membre de la famille des Reoviridae. Le génome du rotavirus est constitué de onze segments d’ARNdb. Chaque segment du génome code pour une protéine, à l’exception du segment 11, qui code pour deux protéines. Parmi les douze protéines, six sont des protéines structurelles et six des protéines non structurelles.C’est un virus non enveloppé à ARN double brin

Virus de la fièvre catarrhaleEdit

Les membres du genre Orbivirus au sein de la famille des Reoviridae sont des virus transmis par les arthropodes et sont responsables d’une morbidité et d’une mortalité élevées chez les ruminants. Le virus de la fièvre catarrhale du mouton (BTV) qui provoque des maladies chez le bétail (moutons, chèvres, bovins) a été au premier plan des études moléculaires au cours des trois dernières décennies et représente maintenant l’orbivirus le mieux compris aux niveaux moléculaire et structurel. Le BTV, comme les autres membres de la famille, est un virus complexe non enveloppé avec sept protéines structurelles et un génome d’ARN constitué de 10 segments d’ARNdb de tailles diverses.

PytoréovirusEdit

Les phytoréovirus sont des réovirus non tourmentés qui sont des pathogènes agricoles majeurs, notamment en Asie. L’un des membres de cette famille, le virus du nanisme du riz (RDV), a été largement étudié par cryomicroscopie électronique et cristallographie aux rayons x. Ces analyses ont permis d’établir des modèles atomiques des protéines de la capside et un modèle plausible d’assemblage de la capside. Bien que les protéines structurelles de RDV ne partagent aucune similitude de séquence avec d’autres protéines, leurs repliements et la structure globale de la capside sont similaires à ceux d’autres Reoviridae.

Virus L-A de Saccharomyces cerevisiaeEdit

Le virus L-A dsRNA de la levure Saccharomyces cerevisiae possède un seul segment génomique de 4,6 kb qui code pour sa principale protéine d’enveloppe, Gag (76 kDa) et une protéine de fusion Gag-Pol (180 kDa) formée par un décalage de cadre ribosomal -1. L-A peut favoriser la réplication et l’encapsidation dans des particules virales distinctes de plusieurs ARNdb satellites, appelés ARNdb M, dont chacun code une toxine protéique sécrétée (la toxine tueuse) et une immunité à cette toxine. L-A et M sont transmis de cellule à cellule par le mélange cytoplasmique qui se produit lors de l’accouplement. Aucun des deux n’est naturellement libéré de la cellule ou ne pénètre dans les cellules par d’autres mécanismes, mais la fréquence élevée de l’accouplement des levures dans la nature entraîne une large distribution de ces virus dans les isolats naturels. De plus, les similitudes structurelles et fonctionnelles avec les virus à ARNdb des mammifères ont rendu utile de considérer ces entités comme des virus.

Virus de la bursite infectieuseEdit

Le virus de la bursite infectieuse (IBDV) est le membre le mieux caractérisé de la famille des Birnaviridae. Ces virus ont des génomes dsRNA bipartites enfermés dans des capsides icosaédriques à une seule couche avec une géométrie T = 13l. L’IBDV partage des stratégies fonctionnelles et des caractéristiques structurelles avec de nombreux autres virus à ARNdb icosaédriques, sauf qu’il ne possède pas le noyau T = 1 (ou pseudo T = 2) commun aux Reoviridae, Cystoviridae et Totiviridae. La protéine de la capside de l’IBDV présente des domaines structurels qui montrent une homologie avec ceux des protéines de la capside de certains virus à ARN simple brin à sens positif, tels que les nodavirus et les tétravirus, ainsi qu’avec la protéine de l’enveloppe de la capside T = 13 des Reoviridae. L’enveloppe T = 13 de la capside de l’IBDV est formée par des trimères de VP2, une protéine générée par l’élimination du domaine C-terminal de son précurseur, la pVP2. L’élimination de la pVP2 est effectuée sur les particules immatures dans le cadre du processus de maturation. L’autre protéine structurelle majeure, VP3, est un composant multifonctionnel situé sous l’enveloppe T = 13 qui influence le polymorphisme structurel inhérent de la pVP2. L’ARN polymérase ARN-dépendante codée par le virus, VP1, est incorporée dans la capside par son association avec VP3. VP3 interagit également de manière importante avec le génome d’ARNdb viral.

Bactériophage Φ6Edit

Le bactériophage Φ6, est un membre de la famille des Cystoviridae. Il infecte les bactéries Pseudomonas (typiquement P. syringae, pathogène pour les plantes). Il possède un génome à ARN double brin segmenté en trois parties, d’une longueur totale d’environ 13,5 kb. Φ6 et ses apparentés possèdent une membrane lipidique autour de leur nucléocapside, un trait rare parmi les bactériophages. C’est un phage lytique, bien que dans certaines circonstances, on ait observé un retard dans la lyse qui peut être décrit comme un « état de porteur ».