Microflore du tractus gastro-intestinal : une revue

La surface muqueuse du tractus gastro-intestinal (GI) humain est d’environ 200-300 m2 et est colonisée par 1013-14 bactéries de 400 espèces et sous-espèces différentes. Savage a défini et classé la microflore gastro-intestinale en deux types, la flore autochtone (flore indigène) et la flore allochtone (flore transitoire). Les micro-organismes autochtones colonisent des habitats particuliers, c’est-à-dire les espaces physiques du tube digestif, tandis que les micro-organismes allochtones ne peuvent coloniser des habitats particuliers que dans des conditions anormales. La plupart des agents pathogènes sont des micro-organismes allochtones ; néanmoins, certains agents pathogènes peuvent être autochtones à l’écosystème et vivre normalement en harmonie avec l’hôte, sauf lorsque le système est perturbé. La prévalence des bactéries dans les différentes parties du tube digestif semble dépendre de plusieurs facteurs, tels que le pH, le péristaltisme, le potentiel redox, l’adhésion bactérienne, la coopération bactérienne, la sécrétion de mucine, la disponibilité des nutriments, le régime alimentaire et l’antagonisme bactérien. En raison du faible pH de l’estomac et du péristaltisme relativement rapide dans l’estomac et l’intestin grêle, l’estomac et les deux tiers supérieurs de l’intestin grêle (duodénum et jéjunum) ne contiennent qu’un faible nombre de micro-organismes, de l’ordre de 103 à 104 bactéries/mL du contenu gastrique ou intestinal, principalement des lactobacilles et des streptocoques tolérants aux acides. Dans l’intestin grêle distal (iléon), la microflore commence à ressembler à celle du côlon, avec environ 107-108 bactéries/mL du contenu intestinal. En raison de la diminution du péristaltisme, de l’acidité et de la baisse des potentiels d’oxydoréduction, l’iléon conserve une microflore plus diversifiée et une population bactérienne plus importante. Probablement en raison de la lenteur de la motilité intestinale et des très faibles potentiels d’oxydoréduction, le côlon est le principal site de colonisation microbienne chez l’homme. Le côlon abrite un nombre considérable de bactéries et d’espèces. Cependant, 99,9% de la microflore colique sont des anaérobies obligatoires.