Les scientifiques sud-africains qui ont découvert la nouvelle variante du COVID-19 partagent ce qu’ils savent

À la fin de l’année dernière, le Réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud (NGS-SA) dirigé par la Plateforme d’innovation et de séquençage de la recherche du KwaZulu-Natal (KRISP) a identifié une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, qui se propage rapidement. Cette nouvelle variante, appelée 501Y.V2, soulève des questions cruciales – notamment celle de savoir si les vaccins et les traitements actuels seront encore efficaces.

Avec le soutien du Conseil sud-africain de la recherche médicale et du ministère des Sciences et de l’Innovation, un groupe d’éminents virologues, immunologistes, vaccinologues, spécialistes des maladies infectieuses et microbiologistes sud-africains a depuis formé un consortium pour répondre aux questions scientifiques spécifiques entourant le 501Y.V2. Les connaissances qu’ils génèrent seront partagées avec les décideurs politiques et les développeurs de vaccins, de diagnostics et de traitements. The Conversation Africa a demandé au consortium de faire le point sur leur travail sur le 501Y.V2.

Quelle est la science derrière la recherche ?

Les virus changent classiquement de façon continue, petit à petit. Un virus modifié est appelé « variante » du virus original ; le noyau essentiel du virus reste le même.

Les changements dans le code génétique du virus sont appelés mutations. Le nouveau variant, appelé 501Y.V2, a acquis 23 mutations, par rapport au virus original du SRAS-CoV-2. Fait important, 20 des mutations entraînent des changements d’acides aminés et huit sont situées dans la protéine spike du SRAS-CoV-2.

Lorsque les mutations ou les changements génétiques sont bénéfiques pour le virus, ils persistent. Les changements peuvent permettre au virus de mieux survivre ou d’être transmis plus efficacement.

Nous savons que des variantes similaires avec de nombreuses mutations ont émergé indépendamment au Royaume-Uni et au Brésil également. L’Afrique du Sud a une capacité de recherche particulièrement bonne pour capter les variants et des équipes de chercheurs ont activement cherché. En outre, le consortium NGS-SA a suivi les conseils du personnel clinique d’un hôpital privé de Nelson Mandela Bay, dans la province du Cap oriental. Les cliniciens observaient un nombre inhabituellement élevé de cas de COVID-19. Cela explique peut-être pourquoi cette variante a été détectée ici si rapidement.

Pourquoi cette variante est-elle inquiétante ?

L’inquiétude vient du fait que le 501Y.V2 pourrait se propager beaucoup plus efficacement entre les personnes, par rapport à d’autres variantes du SRAS-CoV-2.

Les mutations du 501Y.V2 ont inclus des changements dans une partie du virus connue sous le nom de protéine spike. Cette protéine spike du virus s’accroche à la cellule humaine via un « récepteur » pour entrer dans les cellules : c’est ainsi que l’infection commence. Le virus commence alors à se multiplier à l’intérieur des cellules. Il finit par être libéré par les cellules et peut continuer à infecter d’autres cellules.

Les modifications de la protéine spike du 501Y.V2 sont susceptibles de renforcer sa liaison avec les récepteurs des cellules humaines, permettant une infection plus facile et une plus grande réplication au sein de l’hôte. Il peut en résulter une plus grande quantité de virus chez une personne infectée, qui peut ensuite infecter plus facilement d’autres personnes. Le résultat final pourrait être une propagation plus rapide parmi les gens.

Les scientifiques ont observé que le 501Y.V2 est rapidement devenu « dominant » parmi les multiples variantes qui ont circulé dans la population sud-africaine. Cela suggère fortement que les nouvelles mutations de ce variant offrent un avantage de transmission. Dans certaines régions d’Afrique du Sud, plus de 80 % des virus actuellement isolés de personnes infectées sont désormais des 501Y.V2.

Cela signifie probablement que la plupart des personnes actuellement infectées ont un coronavirus plus facilement transmissible.

Les nouveaux variants identifiés au Royaume-Uni et au Brésil présentent de nombreuses mutations similaires et des résultats potentiellement similaires. Les recherches ont confirmé une plus grande transmissibilité au Royaume-Uni.

En outre, de nouvelles recherches menées en Afrique du Sud montrent que le 501Y.V2 peut échapper aux anticorps générés par une infection antérieure. Cela signifie que les anticorps des personnes qui ont été infectées par des variantes précédentes peuvent ne pas fonctionner aussi bien contre le 501Y.V2.

L’équipe de recherche a utilisé le plasma sanguin de patients qui ont eu le COVID-19 lors des poussées précédentes pour voir si les anticorps présents dans leur sang pouvaient neutraliser, ou rendre inefficace, le 501Y.V2. Ils ont constaté que les anticorps de ces patients étaient moins capables de neutraliser le 501Y.V2 que les variantes précédentes du COVID-19 en Afrique du Sud. Une concentration plasmatique environ six à 200 fois plus élevée était nécessaire pour neutraliser le 501Y.V2 en laboratoire.

Pendant ce temps, la recherche d’un groupe différent en Afrique du Sud arrive à des conclusions similaires. L’équipe a testé la réponse en anticorps à partir d’échantillons de plasma sanguin de 44 personnes qui avaient déjà été infectées par des variantes antérieures de COVID-19. Ils ont constaté que près de la moitié des plasmas testés ne pouvaient pas neutraliser le 501Y.V2 – dans un cadre de laboratoire.

Ces données sont préoccupantes. Mais d’autres travaux doivent être menés avant que nous puissions dire catégoriquement ce que cela signifie pour l’immunité des gens contre le 501Y.V2, ainsi que les implications pour les vaccins conçus pour les variantes antérieures. En effet, notre réponse immunitaire à l’infection et aux vaccins fait intervenir des éléments qui vont au-delà des seuls anticorps.

Cette variante provoque-t-elle des symptômes différents ou une maladie plus grave ?

C’est un sujet de recherche en cours. Jusqu’à présent, les cliniciens et les scientifiques travaillant en première ligne n’ont pas observé de différences de symptômes chez les personnes infectées par la nouvelle variante, par rapport aux personnes infectées par d’autres variantes. Il ne semble donc pas que le virus rendra les gens plus malades, ou entraînera davantage de décès.

À ce stade, il semble également que la nouvelle variante provoque un spectre similaire de la maladie – les personnes âgées, les hommes et les personnes souffrant de certaines autres conditions médicales s’en sortent moins bien.

La prise en charge clinique reste exactement la même : oxygénothérapie lorsque les personnes en ont besoin, stéroïdes (comme la dexaméthasone) pour les personnes dont la maladie est plus sévère, et anticoagulants pour prévenir les caillots sanguins, une complication fréquente du COVID-19. La principale thérapie qui a prouvé qu’elle réduisait les décès est la dexaméthasone, qui cible la réponse immunitaire hyperactive au virus, et non le virus lui-même.

Les vaccins actuels sont-ils susceptibles de protéger contre la nouvelle variante ?

Les recherches sont en cours. Jusqu’à preuve du contraire, il est raisonnable de s’attendre à ce que les vaccins soient efficaces contre cette variante comme l’ont montré les essais cliniques à ce jour.

Les vaccins nous protègent en provoquant une réponse immunitaire contre la protéine spike du virus. Les vaccins présentent la protéine spike au système immunitaire, qui la reconnaît comme étrangère – un envahisseur – et produit une réponse immunitaire contre cette protéine. Lorsque l’organisme rencontre ensuite le véritable virus, la réponse immunitaire est prête à le reconnaître et à le détruire avant qu’il ne provoque la maladie.

Une partie de la réponse immunitaire est la production d’anticorps. Les anticorps se lient au virus, le rendant non infectieux. Nous savons que certaines parties des protéines de l’épi dans la nouvelle variante ont changé et donc que les anticorps créés par les vaccins peuvent ne pas les reconnaître aussi bien qu’avant. Mais il est probable que les anticorps induits par le vaccin reconnaîtront également d’autres parties de cette protection de pointe cible. En outre, d’autres branches de la réponse immunitaire induite par les vaccins, comme la réponse des lymphocytes T, également importante dans la lutte contre les virus, pourraient également compenser.

La recherche en cours se divise en deux catégories :

Premièrement, le sang des personnes ayant reçu des vaccins COVID-19 est utilisé pour voir si les anticorps de ce sang, induits par le vaccin, peuvent neutraliser le virus dans un tube à essai. S’ils le font, le vaccin est toujours susceptible de fonctionner aussi bien contre le 501Y.V2 que contre les autres variants.

Deuxièmement, les chercheurs étudient quels variants étaient présents chez les personnes qui ont participé aux essais de vaccins et qui ont quand même développé la maladie du COVID-19. Si un plus grand nombre de 501Y.V2 est identifié par rapport aux autres variants, il est probable que le vaccin ne fonctionne pas aussi bien contre le 501Y.V2.

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