The Human Protein Atlas

Hakutoimintoa voidaan käyttää vapaaseen tekstihakuun (kirjoita hakukenttään mitä tahansa) tai monimutkaisempiin kyselyihin käyttämällä ”Fields”-kenttiä (katso esimerkkejä).
Vapaa tekstihaku etsii täydellisiä ja osittaisia vastaavuuksia geenien nimiin, geenien synonyymeihin, geenien kuvauksiin, ulkoisiin (UniProt, Ensembl, NCBI Entrez Gene) geeni- ja proteiinitunnisteisiin, proteiiniluokkiin, Gene Ontology -tunnisteisiin ja -kuvauksiin, vasta-ainetunnisteisiin ja kuva-annotaatioihin. Vapaan tekstikyselysanan on oltava vähintään kolme merkkiä pitkä.
Kohtaisia kenttiä voidaan hakea ”Fields”-toiminnolla. Käytettävissä olevat kentät ovat: Geenin nimi (HGNC-nimi tai synonyymit), Proteiiniluokka, Kromosomi, Ulkoinen tunniste (Ensembl-geenin, transkriptin tai proteiinin tunniste, UniProt-liittymisnumero, NCBI:n Entrez-geenin tunniste), Solun alainen sijainti immunofluoresenssivärjäyksen perusteella kolmessa eri solulinjassa, Organ-, Kudos-, Syöpä- ja solulinjaekspressio, vasta-aineiden validointitulokset neljässä eri määrityksessä (IH=immunohistokemia, IF=immunofluoresenssi, WB=Western blot, PA=proteiiniryhmä), näyttöpisteet ja suodatus geeneihin, joissa on vain vasta-aineita, ja geeneihin, joissa on tietoon perustuva annotoitu proteiiniekspressio (IH, IF).