Mikrofloraen i mave-tarmkanalen: en gennemgang

Slimhindeoverfladen i den menneskelige mave-tarmkanal (GI) er på ca. 200-300 m2 og er koloniseret af 1013-14 bakterier af 400 forskellige arter og underarter. Savage har defineret og kategoriseret den gastrointestinale mikroflora i to typer, nemlig den autochtone flora (indfødte flora) og den allochtone flora (forbigående flora). Autochtone mikroorganismer koloniserer bestemte habitater, dvs. fysiske rum i GI-kanalen, mens allochtone mikroorganismer ikke kan kolonisere bestemte habitater, undtagen under unormale forhold. De fleste patogener er allochtone mikroorganismer; ikke desto mindre kan nogle patogener være autochtone i økosystemet og normalt leve i harmoni med værten, undtagen når systemet forstyrres. Prævalensen af bakterier i forskellige dele af GI-kanalen synes at være afhængig af flere faktorer, såsom pH, peristaltik, redoxpotentiale, bakteriel adhæsion, bakterielt samarbejde, mucinsekretion, tilgængelighed af næringsstoffer, kost og bakteriel antagonisme. På grund af mavens lave pH-værdi og den relativt hurtige peristaltik gennem maven og tyndtarmen indeholder maven og de øverste to tredjedele af tyndtarmen (duodenum og jejunum) kun et lavt antal mikroorganismer, som ligger på mellem 103 og 104 bakterier/mL af mave- eller tarmindholdet, hovedsagelig syretolerante lactobaciller og streptokokker. I den distale tyndtarm (ileum) begynder mikrofloraen at ligne mikrofloraen i tyktarmen med omkring 107-108 bakterier/mL af tarmindholdet. Med nedsat peristaltik, lavere surhedsgrad og lavere oxidations-reduktionspotentiale opretholder ileum en mere forskelligartet mikroflora og en højere bakteriepopulation. Sandsynligvis på grund af den langsomme tarmmotilitet og de meget lave oxidations-reduktionspotentialer er tyktarmen det primære sted for mikrobiel kolonisering hos mennesker. Tyktarmen rummer et enormt antal og arter af bakterier. Imidlertid er 99,9 % af mikrofloraen i tyktarmen obligatoriske anaerobe bakterier.