Molekulární rozpoznávání 5′ čepičky mRNA 3′ poly(A)-specifickou ribonukleázou (PARN) se liší od interakcí známých u jiných proteinů vázajících čepičky – ScienceDirectspecifickou ribonukleázou (PARN) se liší od interakcí známých pro jiné proteiny vázající uzávěr

Struktura 5′ uzávěru mRNA hraje klíčovou roli v koordinaci translace a degradace mRNA u eukaryot. Poly(A)-specifická ribonukleáza (PARN) je dimerní exoribonukleáza, která účinně degraduje 3′ poly(A) ocásky mRNA a současně interaguje s 5′ čepičkou mRNA. Vazba na uzávěr zesiluje procesivitu působení PARN. Ke studiu vazebných vlastností PARN jsme použili kinetickou analýzu povrchové plazmonové rezonance, kvantitativní rovnovážné fluorescenční titrace a kruhový dichroismus.

Ukázalo se, že molekulární mechanismus rozpoznávání 5′ čepičky PARN se liší od interakcí pozorovaných u jiných známých proteinů vážících čepičku tím, že: i) pomocná biologická funkce vazby 5′ čepičky enzymem degradujícím 3′ je realizována negativní kooperativitou dimerních podjednotek PARN; ii) hlavními faktory při tvorbě komplexu jsou nekumulární interakce; a iii) PARN má všestrannou aktivitu vůči alternativním formám čepičky. Tyto vlastnosti přispívají ke stabilizaci komplexu PARN-kapka potřebného pro procesivitu deadenylace. Naše studie poskytují konzistentní biofyzikální základ pro objasnění procesního mechanismu 3′ mRNA deadenylace zprostředkované PARN a poskytují nový rámec pro interpretaci úlohy 5′ čepičky při degradaci mRNA.

.