Mikroflóra gastrointestinálního traktu: přehled

Slizniční povrch lidského gastrointestinálního traktu (GIT) má plochu asi 200-300 m2 a je osídlen 1013-14 bakteriemi 400 různých druhů a poddruhů. Savage definoval a rozdělil gastrointestinální mikroflóru na dva typy, autochtonní flóru (původní flóra) a alochtonní flóru (přechodná flóra). Autochtonní mikroorganismy kolonizují určitá stanoviště, tj. fyzické prostory v trávicím traktu, zatímco alochtonní mikroorganismy nemohou kolonizovat určitá stanoviště jinak než za abnormálních podmínek. Většina patogenů jsou alochtonní mikroorganismy, nicméně některé patogeny mohou být autochtonní pro ekosystém a normálně žijí v souladu s hostitelem, s výjimkou případů, kdy je systém narušen. Zdá se, že výskyt bakterií v různých částech trávicího traktu závisí na několika faktorech, jako je pH, peristaltika, redoxní potenciál, bakteriální adheze, bakteriální spolupráce, sekrece mucinu, dostupnost živin, strava a bakteriální antagonismus. Vzhledem k nízkému pH žaludku a relativně rychlé peristaltice žaludkem a tenkým střevem obsahuje žaludek a horní dvě třetiny tenkého střeva (duodenum a jejunum) pouze nízký počet mikroorganismů, který se pohybuje v rozmezí 103 až 104 bakterií/ml žaludečního nebo střevního obsahu, především laktobacily a streptokoky tolerantní ke kyselinám. V distálním tenkém střevě (ileu) se mikroflóra začíná podobat mikroflóře tlustého střeva s přibližně 107-108 bakteriemi/ml střevního obsahu. Díky snížené peristaltice, kyselosti a nižším oxidačně-redukčním potenciálům se v ileu udržuje rozmanitější mikroflóra a vyšší bakteriální populace. Pravděpodobně kvůli pomalé střevní motilitě a velmi nízkým oxidačně-redukčním potenciálům je u lidí primárním místem mikrobiální kolonizace tlusté střevo. V tlustém střevě se nachází obrovské množství a druhy bakterií. Nicméně 99,9 % mikroflóry tlustého střeva jsou obligátní anaeroby.