Dvouvláknové RNA viry

ReoviridaeEdit

Reoviridae jsou v současnosti klasifikovány do devíti rodů. Genomy těchto virů se skládají z 10 až 12 segmentů dsRNA, z nichž každý obvykle kóduje jeden protein. Zralé viriony jsou neobalené. Jejich kapsidy tvořené více proteiny mají ikosaedrickou symetrii a jsou uspořádány zpravidla v koncentrických vrstvách. Charakteristickým rysem dsRNA virů, bez ohledu na jejich příbuzenskou příslušnost, je jejich schopnost provádět transkripci dsRNA segmentů za vhodných podmínek uvnitř kapsidy. U všech těchto virů jsou tedy enzymy potřebné pro endogenní transkripci součástí struktury virionu.

OrtoreoviryEdit

Ortoreoviry (reoviry) jsou prototypickými členy čeledi virů Reoviridae a zástupci věžovitých členů, kteří zahrnují přibližně polovinu rodů. Stejně jako ostatní členové čeledi jsou reoviry neobalené a vyznačují se koncentrickými kapsidovými obaly, které obalují segmentovaný dsRNA genom. Konkrétně má reovirus osm strukturních proteinů a deset segmentů dsRNA. Vstup do buňky a replikaci provází řada kroků rozbalování obalu a konformačních změn. Struktury s vysokým rozlišením jsou známy téměř pro všechny proteiny reoviru savců (MRV), který je nejlépe prostudovaným genotypem. Elektronová kryomikroskopie (kryoEM) a rentgenová krystalografie poskytly bohaté strukturní informace o dvou specifických kmenech MRV, typu 1 Lang (T1L) a typu 3 Dearing (T3D).

CypovirusEdit

Cytoplazmatické polyedrické viry (CPV) tvoří rod Cypovirus z čeledi Reoviridae. CPV jsou klasifikovány do 14 druhů na základě elektroforetických migračních profilů jejich genomových segmentů. Cypovirus má pouze jeden kapsidový obal, který je podobný vnitřnímu jádru orthoreoviru. CPV vykazuje nápadnou stabilitu kapsidy a je plně schopen endogenní transkripce a zpracování RNA. Celkové záhyby proteinů CPV jsou podobné jako u jiných reovirů. Proteiny CPV však mají vložené domény a jedinečné struktury, které přispívají k jejich rozsáhlým mezimolekulárním interakcím. Protein CPV turret obsahuje dvě metylázové domény s vysoce konzervovaným sendvičovým složením helix-pair/β-sheet/helix-pair, ale postrádá β-barrel flap přítomný u orthoreoviru λ2. Skládání funkčních domén proteinu turret a přítomnost zúžení a hrotů A podél dráhy uvolňování mRNA naznačují mechanismus, který využívá póry a kanály k regulaci vysoce koordinovaných kroků přepisu, zpracování a uvolňování RNA.

RotavirusEdit

Rotavirus je nejčastější příčinou akutní gastroenteritidy u kojenců a malých dětí na celém světě. Tento virus obsahuje dsRNA genom a patří do čeledi Reoviridae. Genom rotaviru se skládá z jedenácti segmentů dsRNA. Každý segment genomu kóduje jeden protein s výjimkou segmentu 11, který kóduje dva proteiny. Mezi dvanácti proteiny je šest strukturních a šest nestrukturních proteinů. jedná se o dvouvláknový RNA neobalený virus

Virus katarální horečky ovcíEdit

Příslušníci rodu Orbivirus z čeledi Reoviridae jsou viry přenášené členovci a jsou zodpovědní za vysokou morbiditu a mortalitu přežvýkavců. Virus katarální horečky ovcí (Bluetongue virus, BTV), který způsobuje onemocnění hospodářských zvířat (ovce, kozy, skot), je v posledních třech desetiletích v popředí zájmu molekulárních studií a v současnosti představuje nejlépe poznaný orbivirus na molekulární a strukturní úrovni. BTV, stejně jako ostatní členové této rodiny, je komplexní neobalený virus se sedmi strukturními proteiny a RNA genomem sestávajícím z 10 různě velkých dsRNA segmentů.

FytoreoviryEdit

Fytoreoviry jsou neturové reoviry, které jsou významnými zemědělskými patogeny, zejména v Asii. Jeden z členů této rodiny, virus rýžového trpaslíka (Rice Dwarf Virus, RDV), byl podrobně studován pomocí elektronové kryomikroskopie a rentgenové krystalografie. Na základě těchto analýz byly odvozeny atomární modely kapsidových proteinů a pravděpodobný model sestavení kapsidy. Zatímco strukturní proteiny RDV nemají žádnou sekvenční podobnost s jinými proteiny, jejich záhyby a celková struktura kapsidy jsou podobné jako u jiných Reoviridae.

Saccharomyces cerevisiae virus L-AEdit

Virus L-A dsRNA kvasinky Saccharomyces cerevisiae má jediný 4,6 kb genomický segment, který kóduje jeho hlavní plášťový protein Gag (76 kDa) a fúzní protein Gag-Pol (180 kDa) vytvořený -1 ribozomálním frameshiftem. L-A může podporovat replikaci a enkapsidaci v samostatných virových částicích některé z několika satelitních dsRNA, nazývaných M dsRNA, z nichž každá kóduje vylučovaný proteinový toxin (zabijácký toxin) a imunitu vůči tomuto toxinu. L-A a M se přenášejí z buňky na buňku cytoplazmatickým promícháním, ke kterému dochází při páření. Ani jeden z nich se přirozeně neuvolňuje z buňky nebo se do buněk nedostává jinými mechanismy, ale vysoká frekvence páření kvasinek v přírodě má za následek široké rozšíření těchto virů v přírodních izolátech. Navíc strukturální a funkční podobnost s dsRNA viry savců umožnila považovat tyto entity za viry.

Virus infekční burzální chorobyEdit

Virus infekční burzální choroby (IBDV) je nejlépe charakterizovaným členem čeledi Birnaviridae. Tyto viry mají bipartitní dsRNA genomy uzavřené v jednovrstvých ikosaedrických kapsidách s geometrií T = 13l. IBDV sdílí funkční strategie a strukturní rysy s mnoha dalšími ikosaedrickými dsRNA viry, s výjimkou toho, že postrádá jádro T = 1 (nebo pseudo T = 2) společné pro Reoviridae, Cystoviridae a Totiviridae. Kapsidový protein IBDV vykazuje strukturní domény, které vykazují homologii s kapsidovými proteiny některých pozitivních jednovláknových RNA virů, jako jsou nodaviry a tetraviry, a také s T = 13 kapsidovým proteinem Reoviridae. Obal T = 13 kapsidy IBDV je tvořen trimery proteinu VP2, který vzniká odstraněním C-koncové domény z jeho prekurzoru pVP2. Odstřižení pVP2 se provádí u nezralých částic v rámci procesu zrání. Druhý hlavní strukturní protein, VP3, je multifunkční složka ležící pod obalem T = 13, která ovlivňuje vlastní strukturní polymorfismus pVP2. RNA-dependentní RNA polymeráza kódovaná virem, VP1, je do kapsidy začleněna prostřednictvím asociace s VP3. VP3 také rozsáhle interaguje s virovým dsRNA genomem.

Bakteriofág Φ6Edit

Bakteriofág Φ6, je členem čeledi Cystoviridae. Infikuje bakterie rodu Pseudomonas (typicky rostlinně patogenní P. syringae). Má třídílný, segmentovaný, dvouvláknový genom RNA o celkové délce ~13,5 kb. Φ6 a jeho příbuzní mají kolem nukleokapsidy lipidovou membránu, což je mezi bakteriofágy vzácný znak. Je to lytický fág, i když za určitých okolností bylo pozorováno zpoždění v lýze, které lze popsat jako „stav nosiče“.